Travail avec le logiciel Raswin pour modéliser la molécule d’anticorps :
Les fonctions du logiciel seront en:
- italique si elles sont accessibles directement par le menu,
- en italique gras si elles sont accessibles par le fichier de commande
Ce fichier de commande nommé Command Line est ouvert avec RASWIN.
Visualiser un anticorps (=immunoglobuline) :
- Ouvrir Raswin sur l’ordinateur de paillasse
- Ouvrir le fichier Anticorps: File, disque C, SVT, RasTop, Open IGGtotal.pdb, enter, Display, spacefill.
- Cliquer sur la molécule et, en maintenant le bouton de la souris enfoncé, la faire tourner
- Effectuer un zoom en cliquant et en appuyant en même temps sur la touche « Maj ».
| Ce que l’on veut obtenir : | Fonction à écrire en Command Line : | |
| Sélectionner la chaîne protéique H Colorer cette chaîne Sélectionner la chaîne protéique I Colorer cette chaîne Sélectionner la chaîne protéique L Colorer cette chaîne Sélectionner la chaîne protéique M Colorer cette chaîne | Select *h Color yellow Select *i Color violet Select *l Color blue Select *m Color green | Noter la taille des chaînes. Observer la forme de la molécule et la disposition des chaînes. |
Visualiser un lien « Antigène-Anticorps » :
- Close,File, Open IGG-lys.pdb, enter, Display, spacefill.
| Ce que l’on veut obtenir : | Fonction à écrire en Command Line : | |
| Sélectionner la chaîne protéique L Colorer cette chaîne Sélectionner la chaîne protéique H Colorer cette chaîne Sélectionner l’antigène Y Colorer cette chaîne | Select *l Color blue Select *h Color yellow Select *y Color red | Noter la taille des chaînes. (Attention, ici, il n’y a que la moitié des chaînes précédentes.) Voir la relation antigène-anticorps. |
Source:
https://svt.enseigne.ac-lyon.fr/spip/?Structure-et-fonction-des-immunoglobulines
Cliquer pour accéder à TP_XIII.1_Anticorpsc.pdf
Activité 1 : Structure des anticorps.
1. Affichez la molécule d’anticorps, faites-la tourner, effectuez un zoom.
Lancer le logiciel RasTop. Dans le menu Fichier, ouvrir le fichier Iggtotal.pdb et afficher la molécule correspondante.
Cliquer sur la molécule et, en maintenant le bouton de la souris enfoncé, la faire tourner.
Effectuer un zoom en cliquant et en appuyant en même temps sur la touche « Maj ».
Vérifier qu’un clic droit sur la molécule permet de la déplacer.
2. Colorez la molécule pour mettre en évidence les différentes chaînes.
Dans le menu Afficher, choisir Bâtonnets. La molécule se présente comme un enchaînement d’éléments de base répétés de nombreuses fois.
Dans le menu Colorer, choisir Par chaîne/segment. La molécule se colore en présentant les différentes chaînes la constituant.
Que peut-on dire de la structure de la molécule ?
Dans le menu Afficher, choisir Par Brin.
La molécule s’affiche en présentant de façon plus visible les différentes chaînes.
Pointer avec la souris sur le premier acide aminé d’une chaîne, noter son nom affiché dans la console « Rasmol Command Line » (utiliser la souris pour tourner, déplacer et zoomer la molécule)
Faire le même travail pour le dernier acide aminé.
Faire le même travail pour les 3 autres chaînes.
Remplir le tableau ci-dessous :
3. Choisissez la vue la plus adaptée pour présenter les particularités de la molécule d’anticorps mises en évidence. Imprimez et légendez le document.
Dans le menu Exporter, choisir CompuServe GIF. Enregistrer la vue sous un nom approprié dans le dossier qui convient.
• Ouvrir le fichier sous un logiciel de traitement d’image, tel The Gimp, et imprimer la vue.
Activité 2 : Comparaison des différentes chaînes constitutives de la molécule d’anticorps.
Lancez le logiciel « Anagene »
Ouvrez le fichier « igg-sida-4chaines.edi » (noté igg-si~1.edi) situé dans le dossier commun de la classe.
Ce fichier présente les différentes chaînes d’un même anticorps.
Comparez les 4 séquences protéiques par comparaison simple.
Décrivez vos observations.
Fermez ce fichier.
Ouvrez le fichier « igg-vih-8seq.edi) (noté igg-vi~1.edi) qui permet de comparez
différentes chaînes lourdes et légères du même anticorps (dirigé contre le VIH).
Sélectionnez l’ensemble des chaînes légères et réalisez un alignement avec discontinuité.
Remarque : Passez à une règle en triplet (menu Options)
Que pouvez-vous en conclure ? Localisez les différentes zones mises en évidence.
Sélectionnez l’ensemble des chaînes lourdes et réalisez un alignement avec discontinuité.
Que pouvez-vous en conclure ? Localisez les différentes zones mises en évidence.
Activité 3 : Étude de la position des parties variables.
Lancez « Rasmol » francisé et ouvrez la molécule « Iggtotal.pdb ».
Pour localiser les zones variables nous allons les colorer. Il faut utiliser la console de
commande (RasMol Command Line).
Tapez les commandes suivantes pour colorer les chaînes lourdes (H & I) et légères (L & M) au niveau des acides aminés hypervariables (début X et fin Y)
Quelle est la position des régions variables ?
Comment peut-on envisager la liaison anticorps-antigène ?
Activité 4 : La liaison anticorps-antigène.
N.B : Nous allons utiliser une molécule qui ne présente qu’un site anticorps et l’antigène
correspondant (anticorps dirigé contre l’antigène Lysozyme du poulet):
Par le menu Fichier, ouvrez le fichier Igg-lys.pdb et afficher la molécule correspondante.
Dans le menu Colorer, choisissez Par chaîne/segment.
La molécule se colore en présentant les différentes chaînes la constituant.
La partie hypervariable de la chaîne légère est en vert, la partie hypervariable de la chaîne
lourde est en bleu et l’antigène en rouge.
Essayez différents type d’affichage
Que peut-on dire de la structure moléculaire au niveau du contact anticorps – antigène ?
Étudions en détail de la zone de contact anticorps – antigène.
Dans le menu Éditer, choisir Sélectionner.
Dans la boîte de dialogue qui apparaît, cliquer deux fois sur Tous les atomes pour désélectionner toute la molécule.
Cliquer ensuite sur Autre choix et choisir Surface pour visualiser les acides aminés présents
à la surface des molécules.
Valider vos choix pour revenir à la molécule.
Dans le menu Afficher choisir Points pour visualiser différemment les surfaces des
molécules.
Faites tourner la molécule et observez la zone du
site anticorps – antigène.
À quelle conclusion arrivez-vous en observant cette zone ?
Vérifiez votre conclusion en visualisant à nouveau la molécule en « coupe ».
Dans la console de ligne de commande tapez « slab 60 »
Puis tapez « spacefill » pour changer le mode de visualisation
Faites à nouveau tourner la molécule.
N.B. : Vous pouvez à tout moment modifier le plan de coupe sur la molécule en appuyant sur les touches « Ctrl + Alt » et en maintenant le bouton gauche de la souris.
Cette nouvelle vue vous permet-elle de confirmer votre observation précédente ?
Choisissez la vue la plus adaptée pour présenter les particularités de la liaison anticorps –
antigène mises en évidence au cours de la séance. Imprimez et légendez le document.
Dans le menu Exporter, choisir CompuServe GIF . Enregistrer la vue sous un nom approprié dans le dossier qui convient.
Ouvrir le fichier sous un logiciel de traitement d’image, tel The Gimp, et imprimer la vue.
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